成果実績

おもな研究開発の成果実績

2020年4月よりスタートした「富岳」成果創出加速プログラムで、「京」・「富岳」を用いた創薬・医療応用を牽引してきた奥野グループ（京大・理研）と久田グループ（UT-Heart研・元東大）は、「「富岳」で目指すシミュレーション・AI駆動型次世代医療・創薬」の課題解決に向けてプレシジョンメディスン・デジタルメディスン・従来創薬では解決困難である新たな治療法や治療薬の創出を加速する革新的なシミュレーション×AI技術を開発するとともに、がん・心疾患・難病への実践的適用と社会実装を行います。これにより、実際の生物実験や実臨床をナビゲートできる創薬・医療のバーチャル空間を「富岳」を中核として構築し、創薬・医療におけるSociety5.0の実現に資することを目指します。

2023年度末から報告書を公開予定です。

2023年度

【論文リスト】

  • Iwata H, Nakai T, Koyama T, Matsumoto S, Kojima R, Okuno Y. VGAE-MCTS: A New Molecular Generative Model Combining the Variational Graph Auto-Encoder and Monte Carlo Tree Search. Journal of chemical information and modeling. 2023 Dec 11;63(23):7392-7400. doi: 10.1021/acs.jcim.3c01220. Epub 2023 Nov 22. PMID: 37993764; PMCID: PMC10716893.
  • Okada JI, Washio T, Sugiura S, Hisada T. Transition mechanisms from atrial flutter to atrial fibrillation during anti-tachycardia pacing therapy. Pacing Clin Electrophysiol. 2023 Dec;46(12):1509-1518. doi: 10.1111/pace.14863. Epub 2023 Nov 3. PMID: 37922381.
  • Okada JI, Washio T, Sugiura S, Hisada T. Low-energy defibrillation using a base-apex epicardial electrode. Pacing Clin Electrophysiol. 2023 Nov;46(11):1325-1332. doi: 10.1111/pace.14832. Epub 2023 Oct 13. PMID: 37830313.
  • Hatano N, Kamada M, Kojima R, Okuno Y. Network-based prediction approach for cancer-specific driver missense mutations using a graph neural network. BMC Bioinformatics. 2023 Oct 10;24(1):383. doi: 10.1186/s12859-023-05507-6. PMID: 37817080; PMCID: PMC10565986.
  • 荒木望嗣. 「タンパク質の分子動力学シミュレーションに基づく創薬計算技術の開発とゲノム医療分野での応用研究」. SAR News No.45. Cutting Edge:p10-18. 2023 Oct 1.
  • Matsuoka T, Hattori A, Oishi S, Araki M, Ma B, Fujii T, Arichi N, Okuno Y, Kakeya H, Yamasaki S, Ohno H, Inuki S. Establishment of an MR1 Presentation Reporter Screening System and Identification of Phenylpropanoid Derivatives as MR1 Ligands. Journal of medicinal chemistry. 2023 Sep 14;66(17):12520-12535. doi: 10.1021/acs.jmedchem.3c01122. Epub 2023 Aug 28. PMID: 37638616.
  • Koyama T, Matsumoto S, Iwata H, Kojima R, Okuno Y. Improving Compound-Protein Interaction Prediction by Self-Training with Augmenting Negative Samples. Journal of chemical information and modeling. 2023 Aug 14;63(15):4552-4559. doi: 10.1021/acs.jcim.3c00269. Epub 2023 Jul 17. PMID: 37460105; PMCID: PMC10428206.
  • Shimizu S, Kondo J, Onuma K, Coppo R, Ota K, Kamada M, Harada Y, Tanaka Y, Nakazawa MA, Tamada Y, Okuno Y, Kawada K, Obama K, Coffey RJ, Fujiwara Y, Inoue M. Inhibition of the bone morphogenetic protein pathway suppresses tumor growth through downregulation of epidermal growth factor receptor in MEK/ERK-dependent colorectal cancer. Cancer science. 2023 Sep;114(9):3636-3648. doi: 10.1111/cas.15882. Epub 2023 Jun 25. PMID: 37357017; PMCID: PMC10475764.
  • Iwata H. Application of in Silico Technologies for Drug Target Discovery and Pharmacokinetic Analysis. Chemical and Pharmaceutical Bulletin. 2023;71(6):398-405. 2023 Jun 1. doi: 10.1248/cpb.c22-00638. PMID: 37258192.
  • Matsumoto S, Ishida S, Terayama K, Okuno Y. Quantitative analysis of protein dynamics using a deep learning technique combined with experimental cryo-EM density data and MD simulations. Biophysics and Physicobiology. 2023 May 16;20(2):e200022. doi: 10.2142/biophysico.bppb-v20.0022. PMID: 38496243; PMCID: PMC10941960.
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